A manutenção de um sistema de saúde próprio é indispensável ao adestramento dos integrantes das Forças Armadas, ao preparo da reserva mobilizável e, especialmente, ao apoio às operações militares. Além disso, é essencial atender às exigências da Forças em diversas localidades do País, onde há necessidade de apoio de saúde permanente, que está além das possibilidades dos sistemas de saúde civis. A participação da Instituição no Programa Calha Norte comprova a presença da Força em regiões inóspitas e remotas do País.

A Assistência Médico-Hospitalar, sob forma ambulatorial ou hospitalar, é prevista no Estatuto dos Militares como direito do militar (ativo ou inativo) e de seus dependentes, bem como dos pensionistas nas condições e limitações impostas na legislação e regulamentação específicas. É prestada pelas organizações de saúde dos dos Comandos das Forças Singulares, pelo Hospital das Forças Armadas e por organizações de saúde do meio civil, mediante convênio ou contrato.

A contribuição mensal devida pelos militares da ativa, da inatividade e pensionistas é no mínimo 2,7% e de até 3,5%. Há, ainda, o ressarcimento de 20% dos procedimentos médicos, dentísticos e hospitalares. Assim, o sistema de saúde é auto-sustentado por meio da participação dos próprios usuários.